출연재산 중 기본재산에 대해서는 정관에 재산목록을 기재하여야 하며, 기본재산의 매매·임대·증여·교환·용도변경 및 담보 제공시에는 주무관청의 사전허가를 받아야 한다. 주무관청의 허가를 받아야 하는 매매의 경우 현금으로 채권·주식·부동산 등에 투자하는 것을 포함하며, 주무관청에 따라서는 현금을 정기예금에 투자하거나, 만기가 되어 다시 다른 정기예금으로 재투자하는 경우에도 주무관청의 사전허가를 받을 것을 지침으로 정하고 있음으로 유의하여야 한다. 회원YWCA의 경우, 전국에 분포하고 있어, 주무관청 또는 담당 공무원마다 그 적용이 다를 수 있음을 유의하여야 한다. 원금손실이 발생할 우려가 있는 금융상품의 투자는 원칙적으로 주무관청이 금하고 있고, 해당 금융상품의 투자로 발생한 손실의 경우 원금보존의 책임을 이사회에 부여할 수 있다.
공익법인이 출연받은 재산에 대해서는 먼저 세제혜택을 주고, 사후관리를 통해 해당 의무를 위반하는 경우 증여세 또는 가산세가 부과될 수 있다는 점에서 유의하여야 한다. 출연재산은 출연받은 날로부터, 출연재산의 매각대금은 매각한 날이 속하는 사업연도말부터 3년 이내 일정비율로 직접공익목적사업에 계속하여 사용하여야 한다. 직접공익목적사업에 사용한다는 것은 정관상 고유목적사업에 지출하거나, 수익용 또는 수익사업용 재산을 취득하는 것을 말한다. 이를 위반한 경우 증여세가 과세될 수 있다는 점에서 유의하여야 한다. 또한, 일정규모 이상의 공익법인의 경우 매년 출연재산가액의 1%이상을 의무 지출하여야 하며, 1%를 미달한 경우 가산세가 부과됨을 유의하여야 한다. 출연재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용한 경우 운용소득이 발생하고, 해당 운용소득은 발생한 사업연도의 종료일로부터 1년 이내 80%이상을 정관상 고유목적사업에 지출하여야 한다. 이를 위반하는 경우 가산세가 부과된다.
공익법인을 통한 출연자의 사익추구 및 지배권의 남용을 방지하기 위하여 출연자와 그 특수관계자의 임원 취임을 5분의 1로 제한하고 있으며, 임직원으로써 인건비 또는 직·간접경비를 지급받는 경우 해당 금액에 상당하는 가산세가 부과됨을 유의하여야 한다. 여기서 출연자란, 2천만원 또는 총 출연재산가액의 1% 중 적은 금액을 초과하여 기부(출연)한 자를 말한다.